Порт Сен-Назер был захвачен немцами летом 1940 года. Работы по строительству бункера для подлодок начались в марте 1941 года в южном секторе акватории порта. Первые четыре из 14 доков были готовы в июле 1941 года, но остальные работы не прекращались.
Первые пять доков были длиной около 130 м, шириной 14 м и высотой 18 м.
Между доками № 5 и № 6, по всей их длине, располагались склады шириной около 8 м.
Доки № 6-8 по размерам были идентичны первым пяти.
Затем следовали доки № 9-12, которые были несколько короче (124 м) и шире (20 м) предыдущих.
Доки № 13-14, имевшие в ширину также 20 м, были отделены от дока № 12 пространством около 8 м.
В тыльной части бункерного комплекса, за каждым доком, располагались мастерские той же ширины, что и доки. Общая ширина бункерного комплекса составляла 295 м. Шесть доков были «мокрыми», остальные, после откачки воды, можно было использовать в качестве сухих.
Чтобы зайти в бункер, подводные лодки должны были сначала зайти в главный (северный) бассейн через док «Нормандия», а затем, пройдя через меньший по размерам док, попасть в южный бассейн. В марте 1942 года комплекс был атакован британскими морскими пехотинцами, при этом груженный взрывчаткой британский эсминец «Кэмпбелтаун» протаранил ворота дока и взорвался, продемонстрировав тем самым, что система весьма уязвима. Поэтому прямо напротив входа в комплекс был построен шлюз, защищенный собственным бетонным бункером и обеспечивающий прямой выход в открытую воду.
Первой стала здесь базироваться 7-я флотилия «Вегенер», лодки которой прибыли в Сен-Назер в июне 1941 года. В феврале 1942 года к ней присоединилась 6-я флотилия «Хундиус».
6-я флотилия подлодок — флотилия «Хундиус» — была сформирована в Киле 1 октября 1938 года. Первая флотилия лодок дальнего радиуса действия комплектовалась за счет новейших крейсерских подводных лодок IX серии, которые только начинали поступать на вооружение.
Новую флотилию нарекли в честь капитан-лейтенанта Пауля Хундиуса, который в Первую мировую войну командовал UB-16, UC-47 и UB-103. В 20 плаваниях он потопил 67 кораблей общим тоннажем 96809 тонни погиб 16 сентября 1918 года, когда его подлодка была уничтожена глубинными бомбами.
В соответствии с предвоенными планами немецкий подводный флот должен был включать в себя сбалансированный набор подводных лодок, в том числе малые II серии, средние VII серии и крейсерские IX серии. Последние стали поступать на вооружение в 1938—1939 годах и приписывались к флотилии «Хундиус».
Имевшие водоизмещение около 1000 тонн, лодки типа IXА строились Кригсмарине в расчете на действия в операциях против двух главных вероятных противников — Британии и Франции. Тип IXА создавался для того, чтобы германские ВМС могли перекрывать линии коммуникаций в Средиземном море, вдоль Атлантического побережья и вплоть до вод южнее Западной Африки.
6-ю флотилию заново сформировали в июле 1941 года в Данциге. На протяжении первых месяцев существования воссозданного соединения команды проходили учебу на Балтике, но в феврале 1942 года флотилию как боевую часть перебросили в Сен-Назер во Франции. Поскольку флотилия предназначалась преимущественно для действий в Атлантике, комплектовалась она в основном за счет лодок типа VIIС.
Продвижение союзных армий после вторжения в Нормандию вело к неминуемому оставлению баз на побережье Атлантики. Уцелевшие лодки 6-й флотилии были переброшены в Норвегию в августе 1944 года, а само соединение — расформировано.
В составе 6-й флотилии действовали подводные лодки следующих типов:
- VIIB — 1 лодка;
- VIIС — 81 лодка;
- VIIС/41 — 1 лодка;
- IХА — 8 лодок
7 флотилия «Вегенер»
Последняя из флотилий немецких подлодок, сформированная до войны, 7-я, возникла как флотилия «Вегенер» 25 июня 1938 года в Киле. После официального переименования в 7-ю флотилию соединение было переброшено в Сен-Назер осенью 1940 года — в начале 1941 года.
Флотилию нарекли в честь капитан-лейтенанта Бернда Вегенера, который во время Первой мировой войны командовал U-27. За 10 плаваний он потопил 29 кораблей, сделавшись знаменитым после своей гибели 19 августа 1915 года. U-27 пала жертвой корабля-приманки «Баролонг». Англичане убили десять уцелевших моряков с U-27 — это событие стало известно как «Баролонгский инцидент».
Первой лодкой флотилии, прибывшей в Сен-Назер, стала появившаяся там 29 сентября 1940 года U-46 под командованием будущего аса-подводника Энгельберта Эндрасса. Дислоцированные в Сен-Назере лодки 6-й и 7-й флотилий совершили с конца 1940 и по лето 1944 года 388 боевых плаваний.
Продвижение союзников после вторжения и прорыва с плацдарма в Нормандии вынудило многие лодки в августе-сентябре 1944 года передислоцироваться в Норвегию. 7-я флотилия была расформирована в августе 1944 года. Однако многие военнослужащие береговых частей не смогли покинуть базу, и их задействовали в боевых частях на суше при обороне «крепости Сен-Назер», которая оставалась в руках немцев до конца войны.
Только одна лодка осталась в «крепости». Неполадки в двигателях не позволили U-255 отбыть в Норвегию. Однако субмарину починили силами ремонтников из оставшейся на базе обслуги, и в апреле 1945 года U-255 отправилась на заключительное задание по постановке мин около Ле-Сабль-д^Олон под началом последнего командира флотилии, корветтен-капитана Адольфа-Корнелиуса Пининга. U-255 покинула Сен-Назер 8 мая 1945 года и пять суток спустя сдалась в море.
В составе 7-й флотилии действовали подводные лодки следующих типов:
- VIIB — 19 лодок;
- VIIС — 89 лодок;
- VIIС/41 — 2 лодки;
- иностранная — UА.
После высадки союзников в Нормандии в июне 1944 года подводные лодки, базировавшиеся в Сен-Назере, передислоцировали в Норвегию, последняя лодка этой группы, U-267, вышла из порта 23 сентября 1944 года. Тем не менее базу упорно защищали до конца войны войска под командованием генерал-лейтенанта Юнка.
В течение всего этого периода подводные лодки неоднократно приходили в Сен-Назер, доставляя необходимые запасы; в конце февраля 1945 года лодка U-275 встала в док для ремонта шноркеля. Последней из базы ушла лодка U-255, задержавшаяся в Сен-Назере в ожидании ремонта. Осенью 1944 года гидросамолет доставил запчасти, ремонт закончили, и 8 мая 1945 года U-255 ушла из Сен-Назера, причем как раз вовремя, чтобы сдаться союзникам.