База в Ла-Паллисе была захвачена немцами в 1940 году. Первоначально там базировались лодки итальянского флота, но весной 1941 года было принято решение о строительстве в восточном секторе акватории порта новой базы подводных лодок. Строительство бункера началось Организацией Тодта в апреле 1941 года, а 27 октября, после завершения работ в первых двух доках, база стала местом дислокации 3-й флотилии подводных лодок «Лос».
3-я флотилия подлодок была сформирована 4 октября 1937 года и просуществовала до декабря 1939 года, чтобы быть расформированной и затем вновь созданной в марте 1941 года как соединение подводных лодок для войны на расширяющемся поле битвы за Атлантику.Флотилия первоначально называлась в честь прославленного командира-подводника «Великой войны» обер-лейтенанта-цур-зее Йоханеса Лоса, совершившего во время Первой мировой войны 15 плаваний и командовавшего UС-75 и UВ-57. Он потопил 76 кораблей общим тоннажем 151063 тонны, а также уничтожил британский 1219-тонный шлюп «Лаванда». Лос погиб 14 августа 1918 года, когда UB-57 наскочила на мину.До начала войны восемь лодок типа IIB флотилии «Лос» использовались преимущественно для учебы: в действительности они находились в процессе передачи в распоряжение Учебной флотилии подлодок в Данциге, однако стали считаться боеготовыми в момент начала конфликта. Но как сами лодки, так и флотилия, в которую они входили, были слишком маленькими, чтобы в полной мере отвечать задачам, и в декабре 1939 года флотилию «Лос» расформировали.В январе 1940 года флот немецких подлодок претерпел радикальную реструктуризацию. До этого насчитывалось всего три основных боевых флотилии: 1-я и 7-я с базой в Киле и 2-я — в Вильгельмсхафене. В 1940—1941 годах эти три флотилии были переброшены на новые базы во Франции, однако их становилось недостаточно для управления подводными силами, в результате чего в марте 1941 года 3-я флотилия вновь встала в строй как боевое соединение, а в сентябре 1941 года ее перевели в Ла-Паллис (Франция).В апреле 1941 года, в связи с решением Кригсмарине дислоцировать лодки на новой базе, началось строительство бункеров, способных выдержать удары бомб вражеской авиации. Два первых крытых дока строители закончили в октябре 1941 года, и первой лодкой, которая прибыла туда после плавания в Атлантике, стала U-82 — она пришла на базу 19 ноября 1941 года. На протяжении следующих более чем двух с половиной лет через Ла-Паллис и соседнюю с ней базу Ла-Рошель прошло свыше 100 субмарин, входивших в состав 3-й флотилии. Они совершили 161 боевой поход.В августе 1944 года последние подлодки оставили Ла-Паллис и Ла-Рошель и отправились в Норвегию, поскольку американские войска уже наступали из Нормандии в южном направлении. В октябре 1944 года флотилию расформировали.В составе 3-й флотилии действовали подводные лодки следующих типов:
- IIB (до 1940 года) — 8 лодок;
- IID — 5 лодок;
- VIIВ — 1 лодка;
- VIIС — 90 лодок;
- иностранные — UB, UD-1, UD-3, UD-4.
Бункерный комплекс должен был состоять из десяти доков. Первыми были закончены два «мокрых» дока, длиной 92,5 м и шириной 17 м, рассчитанных на две лодки. Доки № 3-7 были осушаемыми, они также имели длину 92,5 м, но их ширина составляла 11 м, и поэтому в них иогло размещаться только по одной лодке. Доки № 8-9 также были осушаемыми, но несколько длиннее (100 м). Док № 10 также должен был быть сухим, иметь ширину 17 м и вмещать две лодки, но достроен не был.
Общие размеры комплекса составляли: длина — 195 м, ширина — 165 м, высота — 14 м, толщина крыш — от 6,6 до 7 м. Помимо бункерного комплекса были построены многочисленные вспомогателные бункеры: электрогенераторная, хранилище нефтепродуктов, три крупных бункера для хранения торпед (примерно в километре к северо-востоку от комплекса), командный бункер, складские бункеры и трансформаторная. Кроме того, над шлюзом, служившим входом в бассейн, также было возведено сооружение бункерного типа.
Значимость базы в Ла-Паллисе, как и остальных баз во Франции, с лета 1944 года значительно уменьшилась, а базировавшиеся там подводные лодки перевели в другие базы, главным образом в Норвегию. Эта база тоже была названа «крепостью», и ее гарнизон продержался до 8 мая 1945 года.
